Missão
Construir um ser capaz de valorizar a si mesmo e aos seus semelhantes, fundamentado nos princípios cristãos e consciente de seu papel social, promovendo, assim, o alcance do sucesso humanizado.

Visão
Ser reconhecida como uma escola inovadora e criativa na construção do conhecimento, voltada para o futuro e capaz de ampliar os vínculos fraternos na comunidade.

Valores e Princípios
Ética, parceria, inovação, cooperação, transparência, respeito ao ser, trabalho em equipe, coerência entre o falar e o agir, solidariedade, justiça e verdade, valorização e participação da família.

O Colégio São João Batista tem por finalidade a formação de homens e mulheres imbuídos de uma visão humana e cristã perante o mundo, competentes intelectualmente, orientados para o discernimento em face de valores contraditórios e capazes de, a partir da análise crítica da realidade, liderar processos de transformação social. (Art. 13 R.I.)

O objetivo principal do Colégio São João Batista é a formação integral e integradora de seus alunos, o que abrange os aspectos físico, afetivo, intelectual, religioso, familiar, cívico, social, comunitário e cultural, de cada etapa da vida, orientando para o Bem, o Justo e o Verdadeiro, buscando alcançar a Excelência Humana e Acadêmica. (Art.14 R.I.)